Най-забележителната физическа характеристика е Фосса Магна – голяма рифтова низина

Четирите региона на същинска Япония: (Хондо) — Хокайдо, Североизточен (Тохоку), Централен (Чубу) и Югозападен — и архипелагите Рюкю и Бонин. Регионът Хокайдо е образуван от сливането на дъгите Чишима и Карафуто. Гръбнакът на региона е насочен от север на юг. Дъгата Чишима навлиза в Хокайдо, като три вулканични вериги с височини над 1800 метра; те са подредени във формата на стълба и завършват в сърцето на региона. Главните компоненти на планинската система са планините Китами на север и веригата Хидака на юг. Североизточният регион почти съвпада със североизточната планинска дъга и се простира от югозападно Хокайдо до централен Хоншу. Няколко редици от планини, низини и вулканични зони са тясно ориентирани към общата тенденция на островната дъга на този регион, която е изпъкнала към Тихия океан. Веригите Китаками и Абукума на източното крайбрежие са донякъде наклонени към общата тенденция; те са съставени главно от по-стари скали, а в центъра са оцелели платовидни земни форми. В западната зона образуванията са в съответствие с общата тенденция и са изградени от сутеренен комплекс, покрит от дебели натрупвания от млади скали, подложени на леко нагъване. Планините Оу, покрити с извисяващи се вулкани, които образуват основната част от вулканичния пояс на Източна Япония, са отделени от крайбрежните вериги от низините Китаками-Абукума на изток и от редица котловини на запад. Централният регион на централен и западен Хоншу е доминиран от сливането на североизточната, югозападната и планинската дъга Шичито-Мариана близо до планината Фуджи. Потокът от планини, низини и вулканични зони пресича острова почти под прав ъгъл.

Най-забележителната физическа характеристика е Fossa Magna, голяма рифтова низина, която пресича най-широката част на Хоншу от Японско море до Тихия океан. Той е частично зает от планини и вулкани от южната част на източнояпонския вулканичен пояс. Междупланинските басейни са притиснати между високите, частично заледени централни планински възли на вериги Акаиши, Кисо и Хида (които заедно образуват Японските Алпи) на запад и веригата Канто на изток. Плитката структурна котловина на равнината Канто, която се простира на изток от веригата Канто, е най-обширната низина на Япония; огромният метрополис Токио се простира от центъра си, покривайки огромна площ от равнината. Югозападният регион, който включва западния Хоншу (Чугоку), както и Шикоку и северния Кюшу, като цяло съвпада с югозападната планинска дъга, а общата тенденция на планините и низините е грубо изпъкнала към Японско море. Регионът е разделен на вътрешна зона, образувана от сложни разломи, и външна зона, образувана от изкривяване. Вътрешната зона е съставена главно от древни гранити, скали от палеозойска възраст (250 до 540 милиона години) и геологично по-нови вулканични скали, които са подредени в сложно съпоставяне. Външната зона, състояща се от планинските групи Акаиши, Кии, Шикоку и Кюшу, за разлика от тях, се характеризира с правилно зонално разположение от север на юг на кристални шисти и палеозой, мезозой (65 до 250 милиона години) и кайнозой (формирани през последните 65 милиона години) образувания. Изключителните повърхностни характеристики на Вътрешната зона (с център хребета Chūgoku) представляват изключително сложна мозайка от многобройни разломни блокове, докато тези на Външната зона са непрекъснати, освен там, където морските проливи ги разделят на четири независими групи. Вътрешното море (Seto-naikai) е регионът, където по-голямото количество депресия е довело до нахлуването на морските води. Северният край на Вътрешната зона е осеян с гигантски куполи от лава, образувани от планината Дай, която заедно с вулканичната планина Асо, погребва значителна част от западното разширение на Вътрешното море в централен Кюшу. Районът на островите Рюкю представлява основната част от дъгата Рюкю, която прониква в Кюшу като вулканичния пояс на Западна Япония и завършва при планината Асо. Влиянието на дъгата се вижда и в тенденцията на многото продълговати острови край западен Кюшу, включително островите Кошики, Гото и Цушима. Островите от региона Изу-Огасавара, на изток от дъгата Рюкю, се състоят от редица вулкани на подводния хребет на дъгата Изу-Марина и островите Бонин, които включват остров Пийл и Иво Джима (Iō-tō) .