Страната има една от най-всеобхватните системи за здравеопазване в света

Япония има висок стандарт на живот, което допринася много за общото добро здраве на японския народ. Въпреки това, поради ниската раждаемост и високата продължителност на живота в страната, населението й е застаряло значително от средата на 20-ти век и броят на хората с увреждания или тези, които търсят медицинско лечение, се е изместил непропорционално към възрастните хора. Страната има една от най-всеобхватните системи за здравеопазване в света, с национално здравно осигуряване, покриващо всички граждани. Злокачествените (ракови заболявания) са водещата причина за смърт в Япония от около 1980 г. насам; смъртността от рак на 100 000 души се е утроила между 1955 и 2005 г. Обратно, процентът на мозъчно-съдовите заболявания (преди най-високият) като цяло е намалял. Само тези две причини представляват повече от половината от годишните смъртни случаи в страната.

Други водещи причини за смърт включват сърдечни заболявания, пневмония, злополуки и самоубийства. Повечето от болниците в страната се управляват от синдикати, асоциации или физически лица, а останалите от местните власти и националното правителство. Разходите за здравеопазване нарастват постепенно, отчасти поради бързо нарастващия брой на възрастните хора. Японците се радват на здравословна храна. Традиционните японски храни се допълват или заменят със западни видове храни (особено червени меса и млечни продукти). Освен това, особено китайската, но също и корейската и други азиатски кухни вече са нещо обичайно в японското меню. Въпреки че потреблението на калории и мазнини на глава от населението в Япония обикновено е по-ниско от това на европейците или американците, сега много повече японци са с наднормено тегло, отколкото в миналото.

Огромните несъответствия, които съществуват между условията на богатите и бедните преди Втората световна война, са намалени до голяма степен в резултат на реформите на земеделската земя между 1946 и 1950 г. и на прилагането на степенуван данък върху дохода. Голямото мнозинство от японците сега смятат себе си за средна класа, въпреки че в рамките на това определение все още има значителни разлики в нивата на доходите и собствеността върху имуществото. Повечето от тези в групата с по-високи средни доходи притежават собствени домове, обикновено къщи с няколко стаи, заобиколени от градина; тези в групата с по-ниски средни доходи обикновено живеят в къща с две до пет стаи или (по-често в градските райони) в жилищна сграда. Услугите за социално подпомагане са значително подобрени и разширени по време на периода на силен икономически растеж от средата на 50-те до началото на 70-те години. Програмите включват социално осигуряване (здравно осигуряване, пенсионно осигуряване, осигуряване срещу безработица и осигуряване на обезщетение при злополука), услуги за възрастни хора и хора с физически и умствени увреждания и грижи за деца в неравностойно положение. Здравноосигурителната система, създадена през 1961 г., обхваща всички граждани. Мащабът на плащанията в него варира и в някои случаи не се изискват плащания.

Възрастните хора могат да получат много услуги, включително медицински прегледи, услуги за домашна помощ, развлекателни услуги и институционални грижи, както и различна финансова помощ. Местните власти са задължени да предоставят социални услуги за хора с физически и умствени увреждания. Съществуват и различни програми за благосъстояние на децата; например медицинските услуги са безплатни за бъдещи майки и за малки деца от семейства с ниски доходи. Работодателите и служителите поемат повечето от разходите за пенсионни и здравни планове за работещите хора и техните семейства, но разходите за повечето други социални програми се поемат от националните и местните правителства. Демографските промени и бързо нарастващите разходи от 80-те години на миналия век принуждават правителството да въведе различни реформи в системата за социално осигуряване, особено в области като грижа за възрастни хора, здравеопазване и пенсии за старост. Въпреки че правителството се опитва да увеличи количеството и качеството на наличните грижи за възрастни хора, то също така повишава възрастта за получаване на пълни социално осигурителни пенсии от 60 на 65 години и приема преработен закон за медицинските грижи, който увеличава частта от разходите поети от бенефициентите. Жилища – За да се справи с първоначалния следвоенен недостиг на жилища, през 1950 г. е създадена полу правителствена агенция, Housing Loan Corporation, за финансиране на жилищно строителство при ниски лихви.

През 1955 г. е организирана друга полу правителствена агенция, Японската жилищна корпорация (през 1981–2004 г. наричана Корпорация за жилищно и градско развитие); първоначално допринася значително за изграждането на жилища на ниски цени, а по-късно се фокусира повече върху развитието на транспортната и комуналната инфраструктура. От 2004 г. тези дейности са част от по-широкообхватната Агенция за градско развитие, която също отговаря за рехабилитацията на съществуващи жилища, прилагането на дългосрочно градско планиране и предоставянето на помощ и възстановяване при бедствия.