В края на 90-те години на миналия век се създава нова Агенция за финансов надзор

През първите десетилетия след Втората световна война сложната финансова система на Япония се различава значително от тази на други развити страни в няколко аспекта, най-вече в основната роля на банкирането и сравнително второстепенната позиция на ценните книжа. Тези различия обаче постепенно изчезват, тъй като пазарите са дерегулирани и интернационализирани. До 80-те години японската финансова институция се превръща в основна международна сила: японските банки доминират в международното банкиране, докато Токийската фондова борса се превръща в един от най-големите пазари на ценни книжа в света по отношение на капитализацията. Голяма част от този растеж обаче се основава на спекулации в икономиката на „балона“ на силно завишени стойности на недвижимите имоти. Спукването на балона в началото на 90-те години сериозно засяга както банкирането, така и пазара на ценни книжа в началото на 21 век и ускорява продължителният период на възстановяване. Междувременно, за период от около две десетилетия, започващ в средата на 80-те години, законите, регулиращи финансовата система, постепенно са преразгледани и дейността на банките, ценните книжа и застрахователните компании се либерализира. Банката на Япония, създадена през 1882 г., е единствената банка, която лимитира йени; тя също така играе важна роля при определянето и прилагането на икономическата и финансовата политика на правителството.

До края на 90-те години на миналия век банката е била под косвения контрол на Министерството на финансите, но приетото по това време законодателство я прави автономна от министерството. В края на 90-те години на миналия век се създава нова Агенция за финансов надзор (от 2000 г. наричана Агенция за финансови услуги), която поема одиторските и надзорните операции, извършвани преди това от Министерството на финансите. По-голямата част от вътрешния банков бизнес се извършва чрез търговски банки, както е било в продължение на десетилетия. Въпреки това, от края на 90-те години на миналия век, регулаторните реформи разрушават бариерите, които традиционно сегментират японската банкова система в няколко вида кредитни институции, и много от големите търговски банки се трансформират чрез сливане и придобиване. Появяват се редица доверителни банки за дългосрочни кредити, някои държавни финансови институции – включително Японската банка за международно сътрудничество, Японската финансова корпорация за малки и средни предприятия и Банката за развитие на Япония – няколко дузини чуждестранни банки, и много взаимни спестовни и кредитни банки и асоциации. Едно от по-значимите събития в началото на 21-ви век е 10-годишната програма за приватизация (завършена през 2007 г.) на Японската пощенска банка, която има най-големите депозити от всички банки в страната. Японската финансова система дълго време се характеризира с висока степен на взаимозависимост между централната банка, търговските банки и индустрията. Традиционно производителите разчитат на банките за голяма част от своите изисквания за заеми и въпреки, че значението на собствения капитал на производителите се увеличава, частните и държавните финансови институции все още представляват значителна част от общия заем. Тъй като търговските банки са отговорни за голяма част от кредитите, предоставени на промишлеността, тяхното влияние върху компаниите-клиенти става значително.

С идването на разклащащата се икономика много частни финансови институции се оказват обременени с масивни лоши заеми, което налага намеса на правителството с временна национализация на някои банки и принуждавайки други към сливания. Процесът на сливане на банки продължава до началото на 21 век и банките отново се оказват в беда с началото на глобалната рецесия през 2007-08 г. Японският капиталов пазар се превръща в един от стълбовете на глобалния 24-часов пазар на ценни книжа, с няколко фондови борси – двата най-важни, Токио и Осака, представляват почти целия бизнес. Търговията с акции се разраства бързо през края на 80-те години, отчасти в отговор на по-силната и скъпа йена, намаляващите лихвени проценти и наличието на голямо количество капитал за финансови инвестиции. По това време обаче пазарът е силно спекулативен и напредъкът е последван пред сериозен спад. Възстановяването е бавно, отразявайки бавния темп на растеж на японската икономика в края на 20-ти и началото на 21-ви век и отново е ударено от икономическия спад, който започва през 2008 г.