Съществуват и редица по-специализирани полицейски органи, най-големият от които, Агенцията за морска безопасност, патрулира крайбрежните води на Япония

Конституцията на Япония от 1947 г. постановява, че страната не може да поддържа въоръжени сили за целите на агресия. Между 1945 г. и 1950 г. Япония няма въоръжени сили освен полицията. След избухването на Корейската война обаче правителството, по предложение на съюзническите окупационни сили, създава Национален полицейски резерв, който по-късно става Силите за самоотбрана (SDF; Jieitai). SDF се състои от сухопътни, морски и въздушни клонове и се администрира от Министерството на отбраната на ниво кабинет, въпреки че цялостната политика се обмисля и определя от Съвета за сигурност (състоящ се от министър-председателя и няколко високопоставени министри от кабинета). Националната отбрана на Япония също се поддържа от споразумения за колективна сигурност със Съединените щати, които са в сила от началото на 50-те години. Чрез Договора за взаимно сътрудничество и сигурност, сключен между Япония и Съединените щати през 1960 г., препотвърден през 1970 г. и допълнително потвърден с леки преработки в края на 1990 г., Съединените щати управляват военни бази в Япония, предимно в Окинава. Договорът може да бъде прекратен една година след като някоя от подписалите страни изрази такова намерение. Съществуването на SDF и на договора предизвикват значителни противоречия.

Продължаващ спор е конституционността на SDF, въпреки че през 1959 г. Върховният съд постанови, че SDF не нарушават конституцията поради техния отбранителен характер. Антивоенната разпоредба на конституцията също е оспорвана, особено от националистически групи. През 1992 г. правителството разрешава първото следвоенно използване на японски сили извън страната за небойни мироопазващи операции, спонсорирани от ООН. Първото разполагане на японски бойни сили извън страната е през 2009 г., когато разрушители са изпратени в Аденския залив, за да противодействат на пиратските операции срещу японските кораби край бреговете на Сомалия.
Полиция – Полицейските служби на Япония са под управлението на Националната комисия за обществена безопасност, оглавявана от министър от кабинета. Комисията има надзорни правомощия върху Национална агенция „Полиция“. Този орган от своя страна контролира, ръководи и координира дейностите на отделни префектурални сили, които са пряко под контрола на комисия за обществена безопасност във всяка префектура.

Административните райони са допълнително разделени на участъци, всеки ръководен от полицейски участък. Правоприлагането е подпомогнато от съществуването на широка мрежа от малки квартални полицейски боксове (kоban). Съществуват и редица по-специализирани полицейски органи, най-големият от които, Агенцията за морска безопасност, патрулира крайбрежните води на Япония. Степента на престъпност в Япония е ниска в сравнение с тази в повечето страни, особено за насилствените престъпления – отчасти поради строгите ограничения, наложени върху притежанието на огнестрелни оръжия. През годините се наблюдава постепенно нарастване на общото ниво на престъпност, особено при престъпленията срещу собствеността. Въпреки това процентът на арестите и присъдите е висок. Полицията увеличава усилията си да разбие престъпните синдикати (bоryokudan или yakuza), но до началото на 21 век все още има около две дузини организирани престъпни групи и десетки хиляди членове на банди.