Местното население Ainu до голяма степен е било асимилирано в общото население от векове

Японците са мнозинство сред населението. Те са етнически много близки до другите народи от Източна Азия. По време на периода Едо (Токугава) (1603–1867) е имало социално разделение на населението на четири класи – войн, фермер, занаятчия и търговец – с класа на по-заможните отгоре и класа на по-бедните отдолу, с изключение на „хората от селото“, потомците на бившата изгнаническа класа. Доколкото социално-класовата система продължава да съществува, тя няма етническа основа, която може да оцелява в многорасови общества, тъй като японците смятат себе си за принадлежащи към една-единствена етническа група. Малкото изключения включват тези, класифицирани като местни чужденци (особено корейци) и японски граждани от айну; и такива в много по-малка степен, от окинавски произход. Япония също има малко население от китайски произход. Стотици хиляди корейци са мигрирали в Япония (много против волята си) преди и по време на Втората световна война, когато Корея е била японска колония и са работили главно като работници. Останалите след войната и техните потомци, последните родени и израснали в Япония, нямат японско гражданство и са изправени пред значителна дискриминация. Исторически погледнато, както айну, така и окинавците често са били свеждани до второкласен статут. Местното население Ainu до голяма степен е било асимилирано в общото население от векове. Преди войната било тенденция хората от Окинава да се разграничават от другите японци поради възприеманите физически и културни различия; тази тенденция е намаляла значително, но не е изчезнала напълно. Окинавската култура, включително нейният диалект и религия, е призната като споделяща много черти с японската култура, което приобщава окинавците в японско общество.

Японският е националният език, а айну е почти изчезнал. Японският език обикновено е включен в алтайската езикова група и е особено близък до корейския, въпреки че речниците се различават. Някои лингвисти също твърдят, че японският съдържа елементи от езиците на Югоизточна Азия. Въвеждането на китайската писмена система и на китайската литература около 4-ти век от новата ера обогатяват японския речник. До онзи момент японският език не е имал писмена форма и първоначално китайските йероглифи (наречени канджи на японски) са били използвани за писане на японски; до 9 век от тях са разработени две сричкови букви, известни като кана (катакана и хирагана). Въпреки че около 3000 до 5000 канджи са в обща употреба, след Втората световна война броят на знаците, необходими за основен речник, е намален до около 2000 и писането на тези знаци е опростено. Десетки хиляди западни заемки, главно от английски, също са приети. Разпространението на японците почти съвпада с територията на Япония. Стандартният японски, базиран на диалекта, говорен в Токио, е установен в края на 19 век чрез създаването на национална образователна система и чрез по-широко разпространена комуникация. Има много местни диалекти, които често са взаимно неразбираеми, но стандартният японски, широко използван в радиоразпространението, се разбира в цялата страна.

Японският е широко разделен лингвистично на двата основни диалекта Хондо и Нанто. Диалектът Хондо се използва в цяла Япония и може да бъде разделен на три основни поддиалекта: източен, западен и кюшу. Източните поддиалекти са установени през 7-ми и 8-ми век и стават известни като езика Azuma („Източен“). След 17-ти век има енергичен приток на поддиалекта Камигата (Кинай), който е в основата на стандартния японски език. Сред западните поддиалекти, версията на кинки дълго време тиражира стандартният език на Япония, въпреки че сегашният поддиалект Камигата в региона Киото-Осака е от сравнително скорошен произход. Поддиалектите на Кюшу са поставени извън основния поток на езиковата промяна на западните диалекти и запазват някои от формите на последните от 16-ти век. Те се простират на юг до островите Танега и Яку. Диалектите на Нанто се използват от островитяните на Окинава от островите Амами в префектура Кагошима, до остров Йонагуни в западния край на архипелага. Дълго поставени извън основния поток на езиковата промяна, те запазват своите древни форми. Местната религия на Япония, Shintō, съществува съвместно с различни секти на будизма, християнството и някои древни шамански практики, както и редица „нови религии“ (shinkō shukyō), които са се появили след 19 век. Нито една от религиите не е доминираща и всяка се влияе от останалите. Оказва се, че е типично за един човек или семейство да вярват в няколко шинто богове и в същото време да принадлежат към будистка секта.

Като цяло липсват силни религиозни чувства, освен сред привържениците на някои от новите религии. Японските деца обикновено не получават официално религиозно обучение. От друга страна, много японски домове съдържат будистки олтар (буцудан), на който с различни ритуали – някои ежедневни – почитат починалите членове на семейството. Хората, обикновено големи исторически фигури, както и природни обекти са били обявявани за богове. Някои от индуистките богове и китайските духове също са приети и японизирани. Всяко селско селище има поне едно собствено светилище и няколко храма с национално значение, най-важното от които е Голямото светилище на Исе в префектура Мие. Много от церемониите, свързани с раждането на дете и ритуалите на преминаване в зряла възраст, са свързани с Шинто. След възстановяването на Мейджи (1868 г.) Шинто е преструктуриран като религия, поддържана от държавата, но премахната след Втората световна война. Будизмът, който има най-голям брой последователи след Шинто, е официално въведен в императорския двор от Корея в средата на 6-ти век. Поддържа се пряк контакт с централен Китай и се въвеждат няколко секти. През 8-ми век будизмът е приет като национална религия и в цялата страна са построени национални и провинциални храмове и манастири. Сектите Tendai (Tiantai) и Shingon са основани в началото на 9-ти век и продължават да упражняват дълбоко влияние в някои части на Япония. Дзен будизмът, чието развитие датира от края на 12-ти век, поддържа много последователи. Повечето от основните будистки секти в съвременна Япония обаче са произлезли от онези, които са били модифицирани през 13 век от монаси като Шинран, които са създали разклонение на будизма на Чистата земя (Jōdo), наречено секта на Истинската чиста земя.

Християнството е въведено в Япония първо от йезуити, а след това от францискански мисионери в средата до края на 16 век. Първоначално е добре прието, както като религия, така и като символ на европейската култура. След установяването на шогуната Токугава (1603 г.) християните са преследвани, а християнството е напълно забранено през 1630-те. Недостъпните и изолирани острови и полуостровът на западен Кюшу продължават да приютяват „скрити християни“ в села, докато забраната не бъде вдигната от правителството на Мейджи през 1873 г. Християнството е въведено отново от западни мисионери, които основават редица руски православни, римокатолически и протестантски формации. Практикуващите християни представляват само малка част от общото население. Голямото мнозинство от това, което сега се нарича „нови религии“, са основани след средата на 19 век. Повечето имат своите корени в шинто и шаманизма, но също така са повлияни от будизма, неоконфуцианството и християнството.