Исторически проследимите селища са възникнали след 16 век

От края на 19 век икономическите и социалните промени засягат дори най-отдалечените села в Япония, но много традиционни аспекти на селския живот оцеляват и предават дори до днес. Автономни и кооперативни системи на земеделски практики и ритуали, както и взаимопомощ между селяните, са предадени до настоящето. Тези традиции се смесват с модернизирани земеделски практики. Автономна селска единица, известна като мура, се състои от около 30 до 50 или повече домакинства. Сега наричана аза, тази единица не трябва да се бърка с административните термини мура или син, използвани след 1888 г. Произходът и историята на повечето малки селища са изгубени във времето. Исторически проследимите селища до голяма степен са възникнали след 16 век. Обикновено ги наричат ​​шинден, „нови оризища“, но по социална структура не се различават коренно от по-старите селища. Значителна локална разлика е очевидна в модела на селище. Някои села са концентрирани, както и тези в района на Кинки; някои са разпръснати, както в североизточния Шикоку; някои са удължени, като тези върху редиците от пясъчни дюни в равнината Ниигата и върху естествените диги на делтите; докато други са разпръснати по по-стръмните планински склонове. Въпреки че тези разлики са само повърхностни, традиционните връзки, които свързват жителите заедно, за да формират стабилна селска общност, се променят, тъй като индустрията се премества в провинцията и предлага на фермерите атрактивни възможности за работа.

Нито едно село не се счита за такова с жители от такъв произход. Тези, които са близо до индустриализирани градски центрове, включват голям брой пътуващи до работното място и индустриални работници. По-отдалечените населени места изпращат сезонни работници през зимните месеци, въпреки че пряката миграция към градските центрове става все по-често срещана. Селата на Хокайдо се основават на търговско земеделие и всяко домакинство има пряк контакт с близкия град. Рибарските селища отсъстват в Тохоку до началото на 17 век, когато започва движението на север. Първоначално те зависели от близките села за производство на ориз, въпреки че някои сушени, осолен или пушени риби намирали и по-далечни пазари. Рибарските селища са най-много на югозапад, където отдавна съществува разменна икономика. Планинските села, които разчитат единствено на местни продукти, различни от ориз, са изключително редки. Много от тях са основани след 17 век, когато дървен материал, дървени въглища и други подобни стоки намират пазари в разрастващите се градове в равнините. Във вътрешност на западен Тохоку се срещат и няколко села, които разчитаха само на лов, но те са застрашени от изчезване.