Най-високите температури се наблюдават на Кюшу и южните острови на Япония

Като цяло климатът на Япония се характеризира като мусонен (т.е. управляван от влажни и сухи сезонни ветрове). Основните влияния са географската ширина на страната, околните океани и близостта й до съседната азиатска суша. Има многобройни местни климатични вариации, резултат от характеристиките на релефа. През зимата зоната с високо налягане над източен Сибир и зоната с ниско налягане над западната част на Тихия океан водят до източен поток от студен въздух (зимен мусон) от края на септември до края на март, който поема влага над Японско море. Зимният мусон отлага влагата си като дъжд или сняг от страната на Япония, обърната към Японско море, и носи сухо, ветровито време в тихоокеанската страна.

Системите за налягане се обръщат през лятото и движенията на въздуха от изток и юг (летния мусон) от средата на април до началото на септември носят по-високи температури и дъжд. Циклонични бури и чести и разрушителни тайфуни (тропически циклони) се появяват през късното лято и началото на есента, особено на югозапад. Топлите води на Курошио (Японско течение), което съответства по географска ширина и обща посока на потока на Гълфстрийм на Атлантическия океан, текат на север по протежение на тихоокеанското крайбрежие на Япония до 35° северна ширина. Течението Цушима се разклонява на запад от Курошио край южен Кюшу и измива бреговете на Хоншу и Хокайдо по Японско море; това е течението, което дава влага на зимния мусон. Тихоокеанският двойник на Лабрадорското течение на Атлантическия океан, студеното течение Оя (Курил), тече на югоизток от Берингово море по протежение на източното крайбрежие на Хокайдо и североизточния Хоншу. Водите му се срещат с тези на Курошио, причинявайки гъсти морски мъгли през лятото, особено край Хокайдо.

Физическата характеристика, която най-много влияе върху климата, е планинският гръбнак на островите. Веригите прекъсват мусонните ветрове и причиняват мрачното време и обилните снеговалежи през зимата по крайбрежието на Японско море и яркото и ветровито зимно време по Тихия океан. Температурите и годишните валежи са приблизително еднакви и на двата бряга, но намаляват значително във вътрешността на планините. Температурите обикновено са по-топли на юг, отколкото на север, а преходните сезони на пролетта и есента са по-кратки на север. В Асахикава, в центъра на Хокайдо, средната температура през януари, най-студеният месец, е −8 °C, а средната температура през август, най-топлият месец е 21 °C, със средна годишна температура от 7 °C. В Токио средната температура за януари е 6 °C, средната за август 27 °C и средна годишна температура 16 °C. Навътре от Токио, Нагано е по-хладен, със средна годишна температура от 12 °C, докато средната годишна температура от 14 °C се среща на брега на Японско море в Каназава. Най-високите температури се наблюдават на Кюшу и южните острови; в Кагошима средната температура за януари е 8 °C, средната за август е 28 °C.

Валежите под формата на дъжд и сняг са обилни на островите. Максималните валежи падат в началото на лятото, а минималните – през зимата – с изключение на крайбрежието на Японско море, където падат най-много снеговалежи в страната. Летният дъждовен сезон настъпва през юни и юли; известен е като baiu („сливов дъжд“), защото започва, когато сливите узреят. Проливни дъждове придружават тайфуните. Моделите на валежите варират в зависимост от топографията, но по-голямата част от страната получава повече от 1020 mm годишно, главно като дъжд през лятото. Най-малкото количество валежи се среща в източната част на Хокайдо, където падат само 920 мм годишно в Обихиро, докато планинската вътрешност на полуостров Кии в централен Хоншу получава повече от 4060 мм годишно. В Япония валят различни количества сняг. От ноември до април снежната покривка покрива Хокайдо, северния и вътрешния Хоншу и северозападното крайбрежие.