През 1897 г., когато започва индустриализацията, населението наброява повече от 42 милиона души

Разпределението на населението на Япония е силно променливо. Планинският характер на страната е накарал населението да се концентрира в ограничените равнини и низини – особено по крайбрежието на Тихия океан. Увеличеното население там обаче е погълнато от разширяващите се градски райони, докато населението на селските райони намалява значително във времето; това довежда до допълнително концентриране на населението в ограничен район. Япония преживя впечатляващ растеж на населението след 1868 г.; оттогава населението се е увеличило близо четири пъти. Това увеличение е пряко свързано с бавния, но стабилен градски растеж; развитието на Хокайдо, Тохоку и Южен Кюшу; и въвеждането на търговско земеделие. През 1897 г., когато започва индустриализацията, населението наброява повече от 42 милиона души. От 1898 до 1918 г. разрастващите се индустриални градове и миньорски градове поглъщат голяма част от населението, както Хокайдо и селските райони с бубарство (отглеждане на копринени буби). През 1920 г., когато е направено първото прецизно преброяване, населението е близо 57 милиона. Между 1919 и 1945 г. Токио-Йокохама (Keihin), Ōsaka-Kōbe-Kyōto (Keihanshin), Нагоя (Chūkyō) и северен Кюшу се развиват като четирите големи индустриални района на страната. В същото време някои от по-малките градове загбят способността си да поддържат нарастващо население, а някои от тях дори намаляват. До 1940 г. населението е нараства повече от два пъти в сравнение с 1868 г. По време на Втората световна война се е наблюдавала подчертана миграция към селските райони, за да се избегнат въздушни бомбардировки; някои градове, като Осака, намаляват до една трета от предишната си численост. След 1945 г. репатрираното население от близо 9 милиона и временно експлозивното увеличение на раждаемостта предизвикват необичайно висок растеж.

Бързото възстановяване на индустрията след 1950 г. довежда до продължаваща концентрация на население в крайбрежните райони на Тихия океан. Възрастните мъже мигрират към тихоокеанското крайбрежие и много от онези, които остават у дома, периодично напускат като временни работници, създавайки постоянен отлив на население от планинските райони и изолираните острови. На много места емиграцията е толкова изразена, че останалото население не може да поддържа балансирана общност и цели селища са изоставени. Тези тенденции продължават до началото на 21-ви век, въпреки че миграцията от селските към градските райони се забавя донякъде и хората напускат градските центрове към отдалечените райони и предградията. Скоростта на нарастване на населението на Япония се забавя драстично в края на 20-ти век и остава в застой до края на първото десетилетие на 21-ви век. До края на това десетилетие Япония, с една от най-ниските нива на раждаемост в света, преживява загуба на население годишно, въпреки факта, че продължителността на живота й е сред най-високите в света. По този начин страната е изправена пред двойните проблеми на намаляващото и бързо застаряващо население, обстоятелства, които понякога създават сериозен недостиг на работна ръка за нейната огромна икономика.