Естествени насаждения от японски кедър, някои от които съдържат дървета на повече от 2000 години

Голяма част от оригиналната растителност е заменена от селското стопанство или от въвеждането на чужди видове на островите. Полу Тропичните дъждовни гори преобладават в архипелагът Рюкю и Бонин и съдържат различни видове черници, камфор, дъбове и папрати (включително дървесни папрати). Зоната на лавровите гори от вечнозелени, широколистни дървета се простира от югозападните острови на север до низините на северен Хоншу. Камфор, пасания, японски вечнозелени дъбове, камелии и холи са типични дървета, с различни видове папрати като подраст. В Кюшу вечнозелената зона достига височини над 1000 метра, но нейната вертикална граница намалява на североизток през Хоншу. Като цяло камфорът доминира в крайбрежните низини,а в слънчевите и добре дренирани места и японският вечнозелен дъб в мъгливата и облачна вътрешност. В югозападния регион Хондо (западен Хоншу, Шикоку и Кюшу) има фикус и ветриловидна палма. В Крайбрежните дюни доминират борови дървета. Естествени насаждения от японски кедър, някои от които съдържат дървета на повече от 2000 години и се срещат над 700 метра на остров Яку, южно от Кюшу. Широколистните гори се развиват в по-високите и по-северни части на зоната на лавровите гори. Представителни дървета са букове, с изящна визия заради красивите си есенни цветове. Срещат се още японски червени борове, японски черни борове и други иглолистни видове.

Широколистната зона се простира в западно Хокайдо, където буковете завършват на югозападния полуостров и по-нататък на североизток са заменени от липа и кленове. Някои иглолистни насаждения са смесени с представителните гори в тази зона. Иглолистните дървета са многобройни в северната и източната периферия на Хокайдо. Сахалинските смърчове, сахалинските ели, сините ели и смърчовете Yezo са смесени с широколистни дървета като брези, дъбове и кленове и гъст подлес от мъхове и лишеи. Иглолистните дървета са смесени с широколистна растителност в югозападно Хокайдо и се срещат в по-високата част на централен Хоншу и Шикоку. Черешовото дърво (сакура), прочуто с пролетния си цвят, отдавна един от символите на Япония, е засадено в цялата страна. Култивирани са много сортове, а естествени насаждения се срещат и в планините.

Въпреки голямото човешко население на страната, сухоземните бозайници на Япония са относително многобройни в отдалечените, гъсто залесени планински райони. Тези животни включват мечки, диви свине, миещи мечки (тануки), лисици, елени (включително сика), антилопи, зайци и невестулки; някои видове се различават от тези на съседния азиатски континент. Дивите маймуни (японският макак) обитават много места; тези, открити в северния край на Хоншу, представляват северната граница на обитаването на маймуни в света. Влечугите включват морски костенурки, сладководни костенурки, морски змии и гущери. Има два вида отровни змии, но повечето от змиите, включително дългата 1,5 метра японска змия са безвредни. Краставите жаби, жабите и тритоните са често срещани, а японски гигантски саламандър от Кюшу и западен Хоншу може да достигне дължина от два метра дори повече.

Японският архипелаг представлява основен източноазиатски прелетен път и около 600 вида птици. Водните птици са изобилни и включват чайки, гмурци, албатроси, буревестници, чапли, патици, гъски, лебеди и жерави. Срещат се около 150 вида пойни птици, както и орли, ястреби, соколи, фазани, пъдпъдъци, сови и кълвачи. Сливането на студени и топли океански течения близо до Япония е създало богат морски живот. Водите на Япония са обитавани от китове, делфини, морски свине и риби като сьомга, сардини, ципура, скумрия, риба тон, пъстърва, херинга, кефал и треска. Ракообразните и мекотелите включват раци, скариди, миди и стриди. Реките и езерата изобилстват от пъстърва, сьомга и раци. Шаран (koi) често се отглежда в езера, както за промишлено производство на храни, така и за декоративни цели. Огромният ръст на населението от края на 19-ти до средата на 20-ти век и бързата индустриализация след 1945 г. оказват повишен натиск върху естествените растителни и животински общности в Япония, главно чрез загуба на местообитания и замърсяване на околната среда.

За съжаление многобройните някога същества, като източния бял щъркел (kōnotori) и японския гребенест ибис (toki), са изчезнали. Осъзнаването за замърсяването нараства през 60-те години на миналия век, а след 1970 г. се предприемат редица строги мерки. Въпреки че качеството на вътрешния въздух и водата се подобряват, замърсяването на въздуха от континенталната част на Източна Азия увеличава честотата на киселинните дъждове в Япония.